As agências especializadas são organizações internacionais autónomas, ligadas às Nações Unidas por acordos especiais. Algumas existiam já antes da I Guerra Mundial, outras estavam associadas à Sociedade das Nações, outras foram criadas quase em simultâneo com as Nações Unidas e outras ainda foram estabelecidas para responder a necessidades entretanto detetadas. As agências especializadas têm orçamento próprio, mas são igualmente financiadas através de contribuições voluntárias. Compete ao ECOSOC coordenar as atividades destas agências, através de consultas e recomendações às mesmas e de recomendações à Assembleia Geral e aos membros das Nações Unidas (cf. art.º 63.º da Carta das ONU).

Existem atualmente 15 agências assim designadas, algumas das quais cuja atividade tem um evidente impacto ao nível da promoção e proteção dos direitos humanos, como é o caso da Organização Mundial de Saúde (OMS), da Organização Internacional do Trabalho (OIT), da Organização das Nações Unidas para a Alimentação e Agricultura (FAO) e da Organização das Nações Unidas para a Educação, Ciência e Cultura (UNESCO).

São ainda agências especializadas das Nações Unidas o Banco Mundial, Fundo Monetário Internacional (FMI), Fundo Internacional para o Desenvolvimento Agrícola, Organização Marítima Internacional, Organização Meteorológica Mundial, Organização Mundial da Propriedade Intelectual (OMPI), Organização Internacional da Aviação Civil, União Internacional das Telecomunicações, Organização das Nações Unidas para o Desenvolvimento Industrial, União Postal Universal e Organização Mundial do Turismo.

As agências especializadas são, por vezes, erradamente confundidas com outras entidades do sistema das Nações Unidas, como os fundos e programas autónomos.

Secção relativa aos Fundos, Programas, Agências Especializadas e Outras Entidades da família das Nações Unidas (Portal da ONU)